Dos aspectos hacían la VI Asamblea Federal de IU más interesante que el resto. De un lado, Julio Anguita abandonaba definitivamente su cargo después de 12 años. De otro, la multiplicación de los candidatos. Gaspar Llamazares fue el que reunió el mayor número de apoyos dentro de IU, pero seguido muy de cerca por Francisco Frutos, secretario general de Partido Comunista Español (PCE).
Los delegados esperaron a conocer definitivamente quien sería su máximo dirigente en los próximos tres años y cuál sería la diferencia respecto a los otros dos candidatos entre palmas de protesta por el retraso. De manera espontánea esas palmas se sustituyeron por canciones e himnos. Lo que empezó siendo cosa de un pequeño grupo de delegados se convirtió en toda una manifestación de la izquierda cuando todos a la vez entonaron la Internacional. A esa siguieron muchas otras.
Llamazares quiso mostrar desde el primer momento su agradecimiento a toda IU y a sus compañeros del Consejo Político Federal (CPF). Tampoco olvidó a Frutos y a Ángeles Maestro, a los que ofreció un lugar en su directiva. El pacto con los socialistas también tuvo cabida en su discurso, igual que los nacionalismos. Al tiempo, Julio Anguita se retiraba como coordinador general de la coalición, pero viendo cumplida su propuesta: "Una persona, una responsabilidad". La victoria de Llamazares, aunque por mínima diferencia, evitó que se repitiera la acumulación de poderes en una sola persona como le ocurrió a Anguita cuando era secretario general del PCE, y como le habría ocurrido a Frutos si hubiera sido elegido coordinador general de IU.
La coalición apostó por el método de elección tradicional aunque desde muchos sectores se pedía un cambio. Los 861 delegados elegidos en sus respectivas federaciones votaron una de las tres listas presentadas. De ella salían los nombres de los que componían la mitad del CPF que, a su vez, elegían al coordinador general. La diferencia entre Frutos y Llamazares fue sólo de 26 votos. El sector crítico de Ángeles Maestro quedó por detrás aunque el resultado final supuso un avance muy importante para esta corriente.
Proporcionalmente al número de votos obtenidos, cada una de las candidaturas iba ocupando un puesto dentro del CPF. Así, la candidatura de Gaspar Llamazares, que fue respaldada por 345 delegados (42'59%), tenía en el CPF 32 miembros. Frutos, 30 y Ángeles Maestro, 13. Fueron estos 75 los que eligieron al nuevo coordinador general. La ausencia de Dolors Pérez, diputada autonómica por Valencia, miembro de la lista de Llamazares y del nuevo Consejo Político, hizo que su victoria fuera sólo de un voto frente a la de Frutos.
Llamazares insistió en que se abría una nueva etapa en IU, una etapa de renovación y de cambio. Su objetivo: "conseguir una dirección que integre al conjunto de la pluralidad y de las candidaturas". Ya como coordinador general añadió: "Hoy es un día para el cambio en IU".